Nachdem die Probe im Labor eingegangen ist, erfolgt zunächst die makroskopische Begutachtung. Dabei werden Parameter wie Größe, Form und Beschaffenheit des Gewebematerials beurteilt und dokumentiert. Anschließend wird der Zuschnitt durchgeführt, um mit dem gelieferten Material nach einem standardisierten Schema weiterzuarbeiten.

Bevor organisches Gewebe eingefärbt und untersucht werden kann, sind dessen Entwässerung und Einbettung in Paraffin erforderlich. Dieser Schritt ist notwendig, da für die Untersuchung mit dem Lichtmikroskop eine gewisse Schichtdicke der Probe nicht überschritten werden darf. Um die richtige Schichtdicke mithilfe des Mikrotoms zu erreichen, braucht die Probe eine gewisse Festigkeit. Ist diese gegeben, werden die Schnittpräparate senkrecht zur Hautoberfläche angefertigt.

Nach der Entparaffinierung erfolgt die Färbung, um einzelne Strukturen, wie die Randzonen von Tumoren zur Beantwortung onkologischer Fragestellungen, besser sichtbar zu machen. Anschließend werden die gefärbten Schnittpräparate auf Objektträgern platziert und mit dünnen Deckgläschen sowie einem Eindeckmedium aus Kunstharz dauerhaft geschützt (eingedeckt). Hinsichtlich der Objektträger ist die Verwendung von Stoffen wichtig, die sich in ihren optischen Eigenschaften neutral verhalten. Im Anschluss an die Vorbereitung kann die eigentliche mikroskopische beziehungsweise digitale Befundung durch den Facharzt für Haut- und Geschlechtskrankheiten (Dermatologie) mit Zusatzqualifikation Dermatopathologie vorgenommen werden.

Für die Realisierung bestimmter Untersuchungen, die nicht mehr zur Routinehistologie gehören – etwa Spezialfärbungen oder immunhistochemische Zusatzuntersuchungen –, verfügen dermatohistologische Labore über spezifische Färbeautomaten sowie die dafür nötigen Reagenzien und Antikörperpanels.