Grundlage dieser dermatopathologischen Untersuchung ist die konventionelle Histologie: Nach der Fixierung, der Einbettung in Paraffin und dem Anfertigen dünner Gewebeschnitte erfolgt die Färbung mit Hämatoxylin-Eosin (HE). Hierdurch werden die Zellstrukturen und die Gewebearchitektur sichtbar gemacht. Ergänzend kommen Spezialfärbungen zum Einsatz, etwa im Zusammenhang mit einer Darstellung von Pilzen, Bindegewebsfasern oder Ablagerungen in der Haut.
Bei Tumoren mit unklarem Charakter (entweder gut- oder bösartig) oder speziellen Fragestellungen zur Schnittrandsituation wird zudem die dreidimensionale histologische Aufarbeitung eingesetzt, die im Gegensatz zur klassischen stichprobenartigen Schnittführung eine lückenlose Beurteilung der gesamten Exzisionsränder ermöglicht und so hilft, unnötige Nachoperationen zu vermeiden.