Die Magnetresonanztomographie (MRT) liefert ohne Strahlenbelastung Aufnahmen mit einem hohen Weichgewebekontrast und eignet sich daher unter anderem zur Beurteilung der Leber und Gallenwege sowie der Pankreas. Die Magnetresonanz-Cholangiopankreatographie (MRCP) ist eine nichtinvasive Methode zur Darstellung der Gallenwege, bei der im Vergleich zu endoskopischen Verfahren ein geringeres Komplikationsrisiko besteht.
Der Einsatz einer MRT bietet sich in der Abdomenradiologie auch zur Beurteilung von Leberläsionen wie dem hepatozellulären Karzinom, gutartigen Gefäßtumoren der Leber sowie anderen benignen Raumforderungen an. Eine erste bildgebende Differenzierung ist beispielsweise durch die Abgrenzung der Raumforderungen, deren Beziehungen zum umliegenden Gewebe und deren Eigenschaften möglich.
Im Rahmen einer MR-Enterographie lassen sich zudem chronisch-entzündliche Darmerkrankungen beurteilen, ohne dass dafür eine den Patienten belastende endoskopische Untersuchung des Darms erforderlich ist.