Die Magnetresonanztomographie (MRT) bietet auf ihren Bildern einen hohen Weichgewebekontrast und eignet sich damit zur Untersuchung komplexer Fragestellungen. So lassen sich mit der Methode unter anderem hochauflösende Schnittbilder des Uterus und der Eierstöcke gewinnen. Bei einer Endometriose kann das Stadium infiltrierend wachsender Herde – etwa im Bereich der Trennschicht zwischen Darm und Scheide oder der Harnblase – abgebildet werden.
Für das Staging des Zervixkarzinoms und des Endometriumkarzinoms ist die MRT ebenfalls eine etablierte Untersuchung, da sie die Beurteilung der Tumorausdehnung und der Infiltrationstiefe sowie des Lymphknotenbefalls ermöglicht. Besteht der Verdacht auf Raumforderungen in den Eierstöcken, lassen sich mit der MRT nach einem unklaren Ultraschallbefund Zysten, Dermoidzysten (gutartige Tumore mit verschiedenen Gewebetypen) und mit Blut gefüllte Endometriosezysten voneinander unterscheiden.
Durch die Gabe eines Kontrastmittels wird die Gewebedifferenzierung auf den Aufnahmen zusätzlich verbessert, was die Befundung entzündlicher oder tumoröser Prozesse an den weiblichen Geschlechtsorganen unterstützt. Wie der Ultraschall ist auch die MRT ohne Strahlenbelastung für die Patientin durchführbar.