Trotz der Sensitivität, mit der die Sentinel-Lymphknoten abgebildet werden, hat das Verfahren Grenzen und kann nicht in jedem Fall vorbehaltlos eingesetzt werden. Kontraindikationen sind zum Beispiel Unverträglichkeiten gegenüber Bestandteilen des Tracers, bei deren Vorliegen die Frage der Durchführung des Verfahrens kritisch geprüft werden sollte.
Schwangerschaft und Stillzeit sind ebenfalls kritische Rahmenbedingungen für nuklearmedizinische Untersuchungen. Allerdings ist die Stillphase kein absoluter Ausschlussgrund, da die Muttermilch in den Stunden nach der Untersuchung entsorgt werden kann und der Säugling somit keiner Gefahr ausgesetzt wird. Dennoch sollte stets eine gründliche Abwägung zwischen dem prognostischen und therapeutischen Nutzen der Untersuchung und den Risiken für die Mutter und vor allem das (ungeborene) Kind erfolgen.
Daneben gibt es weitere Situationen, in denen auf die Wächterlymphknotenszintigraphie verzichtet werden kann. Dies betrifft beispielsweise Patienten, bei denen eine Fernmetastasierung bereits bekannt und die Durchführung der Untersuchung damit nicht mehr begründet ist. Des Weiteren können vorhergehende Operationen oder Narben im Abflussgebiet die Lymphdrainage so nachhaltig stören, dass die Ergebnisse der Untersuchung nicht mehr aussagekräftig genug sind.